Santa María Magdalena formó parte del paso de la Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno hasta 1978, cuando se separó para formar su propia hermandad. En 1986 se le confeccionó un trono de mayores dimensiones por necesidades del itinerario, y años más tarde las Hermanas Dominicas bordaron el estandarte. Más tarde pasó a ser responsabilidad de la Agrupación de Cofradías.

A finales de la década de los 90, la cofradía sufrió algunos cambios internos. Hubo una re-estructuración y Manuel Pérez Ligero dio paso a Luis Alba Aragón como hermano mayor y el desfile de Santa María Magdalena se redujo a su salida procesional el Viernes Santo, en la celebración de «El Paso» y su acompañamiento a la Cofradía del Santo Entierro.

A esta talla, una de las históricas de Almuñécar, se agregó en 1993 el Cristo del Perdón, obra del imaginero granadino Antonio Díaz Fernández. En la escena, Jesús viste una túnica blanca con la cruz a cuestas camino del calvario, de rodillas en una de sus caídas. La hermandad contaba con un trono de enormes dimensiones que debía ser transportado por 150 horquilleros. Sin embargo, esas dimensiones desproporcionadas provocaron que la cofradía tuviera que rechazar ese trono y elegir dos más pequeños. En el 2003, el imaginero sevillano Juan Antonio Blanco Ramos, le hizo el cuerpo entero a la imagen del Cristo, completando uno de los anhelos de esta cofradía. Desde 2018, las dos imágenes van juntas en el mismo trono.

La imagen de María Magdalena hace dos papeles en la Semana Santa sexitana, el de Santa Mujer Verónica el Miércoles Santo y Viernes Santo por la mañana, y el de Santa María Magdalena el Viernes Santo por la noche acompañando al Santo Entierro. Además, la talla es articulada.