En 1967, una fuerte discusión entre los Hermanos Mayores de las Cofradías del Santo Entierro y la Virgen de los Dolores impidió que la procesión del Sepulcro completara su estación de penitencia. Viendo los vecinos del pueblo que la procesión no llegaba a la Tribuna Oficial, subieron a la Parroquia para ver que ocurría. Un grupo de vecinos, tras enterarse de lo ocurrido, tomó la iniciativa de sacar a la Virgen de los Dolores en unas andas para que el pueblo de Almuñécar no se quedara sin verla el Viernes Santo. Ante esta iniciativa, tanto la Hermandad de esta imagen como el cura-párroco se negaron en un primer momento, pero la presión de los feligreses que esperaban en la puerta de la iglesia consiguió sacar la imagen. Nuestra Señora de los Dolores fue montada en unas andas desataviada de todos sus lujos, con un simple manto negro. La procesión se desarrolló rezando el vía-crucis y entonando canciones religiosas mientras se tocaba un tambor sordo, acompañada de centenares de vecinos.

Viendo el éxito de esta procesión, el grupo de vecinos del que corrió la iniciativa tomó la decisión de repetirlo en posteriores años, saliendo en 1968 por primera vez la procesión de la Soledad, tras la procesión del Sepulcro, repitiendo el mismo ritual del año anterior. A la Virgen de los Dolores se la montó en unas andas y se le quitaron todos sus atavíos, procesionando únicamente con un manto negro y con el nombre de Virgen de los Dolores en su Soledad. En 1969 se añade la imagen del Cristo del Santo Entierro, como Cristo de la Misericordia.

De esta forma se siguió realizando el vía-crucis hasta que en 1980 se funda la Cofradía del Cristo de la Misericordia y Nuestra Señora de los Dolores en su Soledad, hasta su re-fundación en Hermandad en 1995. La fundación de la cofradía generó reticencias en las Cofradías del Sepulcro y los Dolores, cuyas imágenes eran las utilizadas por la cofradía recientemente creada. Dada la situación de conflictividad que se estaba creando, el cura-párroco invitó a a la Hermandad a salir de la Agrupación de Cofradías y Hermandades de Semana Santa. Este hecho no consiguió calmar la situación, y en 1995 la Hermandad compró sus propias imágenes, obras de Miguel Zúñiga Navarro, que realizó un Cristo Yacente y una Soledad.

Actualmente es la única Hermandad de la Semana Santa sexitana que no se encuentra en la Agrupación de Cofradías y Hermandades.